Nagkaroon ng halalan noong 1946, na nagluklok kay Manuel Roxas bilang unang pangulo ng malayang Pilipinas. Ibinalik ng Estados Unidos ang soberanya ng Pilipinas noong ika-4 ng Hulyo 1946.[4] Ngunit ang ekonomiya ng Pilipinas ay nanatiling umaasa sa ekonomiya ng Estados Unidos, ayon kay Paul McNutt, isang mataas na komisyoner ng Estados Unidos.[23] Ang Philippine Trade Act, na ipinagtibay bilang isang kondisyon upang makatanggap ng perang gagamitin sa rehabilitasyon mula sa digmaan ang Pilipinas mula sa Estados Unidos,[24] ay lalong nagpalala sa relasyon ng dalawang bansa sa probisyon itong itali ang ekonomiya ng dalawang bansa. Isang kasunduan na militar ang nilagdaan noong 1947 na nagtakda sa Estados Unidos ng 99-taong pag-uupa sa mga piling base militar sa bansa (binawasan ito ng 25 taon noong 1967).